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FPGA大显身手基因组测序时间从30小时缩短到26分钟

时间:2021-02-22 00:39 点击次数:
  本文摘要:现阶段,FPGA在动态性基因组测序计算出来大展身手,把转录组测序时间从30钟头增加到26分鐘,以后基因组测序计算出来时间将不容易增加到十分钟,预估一个仅有编码序列遗传基因c语言编译器能够在类似动态性的时间内顺利完成。基因组测序是一种新式基因检查技术性,它能够从血夜或是唾沫中剖析精确测量遗传基因仅有编码序列,用于预测分析病症,本人的不负责任特点这些。搭建这一项技术性务必大量的计算出来抵制,常常务必等待一段时间才能够获得检验結果。

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现阶段,FPGA在动态性基因组测序计算出来大展身手,把转录组测序时间从30钟头增加到26分鐘,以后基因组测序计算出来时间将不容易增加到十分钟,预估一个仅有编码序列遗传基因c语言编译器能够在类似动态性的时间内顺利完成。基因组测序是一种新式基因检查技术性,它能够从血夜或是唾沫中剖析精确测量遗传基因仅有编码序列,用于预测分析病症,本人的不负责任特点这些。搭建这一项技术性务必大量的计算出来抵制,常常务必等待一段时间才能够获得检验結果。

殊不知,EdicoGenome开售的“龙”硬件配置加速卡将转录组测序计算出来时间由30钟头增加到26分鐘,快速就会有很有可能提升搭建动态性计算出来的总体目标。IBMPowerSystems近期公布发布了问题“Powerfulcomputingcrunchesgenomicdataatwarpspeed”的文章内容,文章内容描述了EdicoGenome用以硬件加速器来加速遗传基因科学研究的大量计算出来。

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EdicoGenome老总担任CEOPietervanRooyen和他的精英团队在巴西进行血夜剖析的工作中,关键朝向二种病症:HIV(HIV)和结核病(tuberculosis)。另外她们也产品研发了一款自定的硬件配置加速卡来加速计算出来,这款加速卡便是“龙”卡,卡上搭建了根据IBMPower8CPU的S822LC高性能计算出来网络服务器和Xilinx28nmFPGA。

加速卡计算出来的实际效果怎样呢?“以前一个基因组测序务必约30钟头”vanRooyen讲到,“大家早就把计算出来时间降至26分鐘,快速,大家就不容易更进一步提升到十分钟”。他预估一个仅有编码序列遗传基因c语言编译器能够在类似动态性的时间内顺利完成。

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Stone在视頻中表明讲到,FPGA加速卡将应急处置时间缩减到六分钟上下,而显手机软件应急处置大概务必6钟头,FPGA硬件加速器获得了大概50X~60X的加速性能。现阶段EdicoGenome“龙”卡上放的是Xilinx28nm元器件,企业早就充分考虑在她们下一代的木板上用以XilinxUltraScale元器件,在目前基本上再作获得5X的加速性能提升。


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